Il y aura probablement encore de nouveaux variants du sars-cov2 mais faut-il nécessairement s'en inquiéter?

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Publié le 29 janvier 2021 Mis à jour le 15 février 2021
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le 29 janvier 2021

Comme un pied-de-nez aux premiers vaccins autorisés pour lutter contre les formes sévères de la COVID-19, l’année 2021 à peine commencée a vu émerger trois nouveaux variants du virus.

Le vaccinologue Cécil Czerkinsky, Directeur de recherche Inserm à l'IPMC, nous explique en quoi ces formes mutées pourraient s'avérer problématiques pour endiguer l'épidémie et dans quelle mesure nous pouvons rester optimistes.

Comme un pied-de-nez aux premiers vaccins autorisés pour lutter contre les formes sévères de la covid-19, l’année 2021 à peine commencée a vu émerger de nouveaux variants du virus. Les autorités compétentes dénombrent d’ores et déjà trois versions supplémentaires de l’agent infectieux, identifiées au Royaume-Uni, en Afrique du Sud et au Brésil. Or, certaines des mutations en jeu rendent le virus plus contagieux et risquent d’augmenter encore la pression sur les services hospitaliers, comme le déplore le Royaume-Uni ces dernières semaines. Si les pays européens craignent à leur tour une nouvelle vague épidémique avec son lot de mesures de restriction de la circulation, comme c’est déjà le cas au Portugal ou en Allemagne par exemple, faut-il néanmoins s’inquiéter de voir le sars-cov2 évoluer ? 

Pour commencer, les différents variants mettent-ils à mal notre capacité de dépistage des personnes infectées ? « Pour l’instant, les tests déployés sur le territoire restent a priori efficaces. Heureusement, les tests PCR et plusieurs tests antigéniques ciblent des parties du virus distinctes de l’élément dont les mutations nous préoccupent, en l’occurence la protéine « spike » », explique Cécil Czerkinsky, vaccinologue et directeur de recherche Inserm au sein de l’IPMC, laboratoire CNRS d’Université Côte d’Azur. Cet élément, situé à la surface du virus est la clé lui permettant de déverrouiller les cellules hôtes, de s’y multiplier puis d’infecter les individus. Le virus va également déclencher une éventuelle réaction immunitaire, comprenant la sécrétion d’anticorps, dont une partie est dirigée contre la protéine « spike ». Les tests dont la fiabilité pourrait prêter à questionnement sont donc ceux qui ciblent justement la protéine « spike », celle-ci pouvant être devenue « méconnaissable » après mutation. « Nous n’avons pas de données précises sur la variation éventuelle de sensibilité des tests diagnostiques basés sur l’antigène spike d’un variant antèrieur vis-à-vis de différents variants ultèrieurs», confirme Cécil Czerkinsky. 

Ensuite, ces variants sont-ils plus dangereux que la version 2019 du sars-cov2 ? Les mutations touchant la fameuse protéine spike peuvent faciliter l’entrée du virus dans nos cellules muqueuses (celles qui tapissent le nez, la gorge, les intestins, la conjonctive de l’oeil) et donc augmenter la contagiosité. « C’est le cas avec le variant britannique et surtout sud-africain. Comme ils passent plus facilement dans l’organisme, il vont infecter un plus grand nombre de cellules. Ainsi, la charge virale (la quantité de virus) va être plus élevée et davantage de personnes pourraient devenir susceptibles de développer une forme grave», illustre le vaccinologue. En revanche, la maladie en elle-même ne semble pas changer de manière appréciable. En conséquence, le traitement des patients infectés par les variants devrait demeurer le même que celui mis au point pour les malades atteints de la COVID-19. Toutefois, des résultats préliminaires très récents viennent semer le doute sur l'efficacité de traitements considérés jusque là comme très prometteurs. Il s'agit de ceux basés sur l’administration d’anticorps monoclonaux (des anticorps de synthèse). "Les molécules anti-virales neutralisantes ainsi apportées à l'origanisme ciblent en effet pour la plupart et de façon très (et peut-être trop ?) spécifique des parties précises de la protéine « spike » dont plusieurs ont muté chez les variants émergents. Cette stratégie pourrait ainsi devenir moins, voire plus du tout efficace », explique Cécil Czerkinsky. « Ceci est d’autant plus préoccupant que les coûts de production de tels anticorps sont déjà très élevés et les capacités de production sont limitées", précise-t-il.

Quant aux vaccins déjà sur le marché, sont-ils adaptés et sinon, est-il « facile » de déployer des vaccins supplémentaires à partir des premiers modèles ? « À l’heure actuelle, on sait deux choses. Premièrement, des patients précédemment infectés avec un variant peuvent être réinfectés par d’autres versions du virus. En second lieu, les vaccins à ARN messager et à adénovirus (comme ChAdOx1), induisent bien des anticorps neutralisants contre les variants anglais et sud-africains », souligne Cécil Czerkinsky. Ceci, à des taux semble-t-il modérément inférieurs à ceux obtenus contre le précédent variant. Par contre, des données contradictoires existent concernant le variant brésilien. « Il serait moins bien, voir pratiquement plus du tout neutralisé par les anticorps post-vaccinaux », révèle le directeur de recherche.  « Néanmoins, si cela s’avérait nécessaire, certains vaccins pourraient être reconfectionnés et produits rapidement, notamment lorsqu’ils reposent sur les technologies à ARN messager et à adénovirus », précise le spécialiste. Le seul ennui, avec de nouveaux vaccins à adénovirus, est qu’ils déclenchent aussi une réaction immunitaire contre l’adénovirus lui-même, qui réduira l’efficacité des rappels utilisant le même adénovirus si un premier vaccin de ce type a déjà été injecté une ou plusieurs fois. Ceci limiterait de fait l’efficacité de campagnes vaccinales successives. 

Si cela s’avérait donc nécessaire, combien de temps nécessiterait la confection de vaccins adaptés à de nouveaux variants ? « Pour les vaccins à ARN messager, quelques jours et au plus quelques semaines », estime Cécil Czerkinsky. « Le problème majeur qui demeure est que nous ne disposons toujours pas de corrélât d’efficacité. Autrement dit, il nous manque un test biologique prédictif de la protection induite par un vaccin. Pour l’instant, le seul test utilisé dans tous les essais cliniques (en phase 2/3) est basé sur la mesure du niveau des anticorps neutralisants dans le sang des sujets vaccinés », rappelle le chercheur. « Il est probable que, faute de mieux, ce test reste le test de référence pour guider les autorités réglementaires dans leur décision d’accorder ou non une autorisation d’utilisation en urgence pour les autres candidats vaccins en cours de développement et pour lesquels un essai d’efficacité à grande échelle ne devrait pas être requis. Encore faudra-t-il définir le niveau de ces anticorps susceptible de prédire de façon suffisamment fiable une protection contre la maladie, ce qu’on appelle la « séro-protection » dans le jargon des vaccinologues», développe Cécil Czerkinsky. Car cette production d’anticorps, rappelons-le, constitue une mesure indirecte, qui ne traduit pas l’état de l’immunité induite au niveau des muqueuses, c’est-à-dire là où le virus tentera effectivement d’entrer dans l’organisme et d’où il sortira au cours de la transmission. 

Enfin, « Il est possible voire probable que d’autres variants émergent et la vaccination de masse génère une pression de sélection au profit de variants nouveaux, mais je préfère positiver », conclut Cécil Czerkinsky. À ce jour, au niveau des molécules virales impliquées dans l’attachement du virus à la cellule, le sars-cov2 mute déjà moins que les molécules d’attachement du virus de la grippe saisonnière.

Laurie Chiara, journaliste scientifique Université Côte d'Azur